メインフェイズ1に「簡易融合」の『①：１０００LPを払って発動できる。レベル５以下の融合モンスター１体を融合召喚扱いとしてエクストラデッキから特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターは攻撃できず、エンドフェイズに破壊される』効果によって、エクストラデッキから「サウザンド・アイズ・サクリファイス」を特殊召喚しました。

そのターンに、「強制転移」を発動し、相手のモンスターと、自分のその「サウザンド・アイズ・サクリファイスのコントロールが入れ替わりました。

この場合、エンドフェイズに『エンドフェイズに破壊される』処理は適用されますか？

質問の状況の場合、「簡易融合」の効果で特殊召喚された「サウザンド・アイズ・サクリファイス」は、「強制転移」の効果によってコントロールが相手に移ったとしても、『この効果で特殊召喚したモンスターは攻撃できず、エンドフェイズに破壊される』効果は適用された状態のままです。

したがって、そのままエンドフェイズを迎えた場合には通常通り、「サウザンド・アイズ・サクリファイス」は破壊される事になります。