相手がペンデュラム召喚によって、手札から「竜脈の魔術師」と「慧眼の魔術師」を特殊召喚した際に、自分は「DDD超死偉王ホワイテスト・ヘル・アーマゲドン」の『②：このカードが既にモンスターゾーンに存在する状態で、このカード以外のモンスターが召喚・特殊召喚された場合に発動できる。相手は自身のフィールドのPモンスター１体を選ぶ。そのモンスター以外の相手フィールドのモンスターの効果は無効化される』モンスター効果を発動しました。

この場合、相手プレイヤーはどちらのペンデュラムモンスターを選んで処理を行う事になりますか？

質問の状況の場合、「DDD超死偉王ホワイテスト・ヘル・アーマゲドン」の『相手は自身のフィールドのPモンスター１体を選ぶ。そのモンスター以外の相手フィールドのモンスターの効果は無効化される』モンスター効果の処理時に、相手のモンスターゾーンには表側表示のペンデュラムモンスターが2体存在していますので、相手プレイヤーはどちらを選んで処理を行う事もできます。

相手が「慧眼の魔術師」を選んだ場合は、「竜脈の魔術師」は通常モンスターですので、結果的に相手のモンスターの効果が無効化される事はありません。

逆に、相手が「竜脈の魔術師」を選んだ場合は、「慧眼の魔術師」の効果が無効化される事になります。