自分のモンスターゾーンに「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」が表側表示で存在し、『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、攻撃力０のモンスターが発動した効果は無効化される』モンスター効果が適用されています。

この状況で、相手が「D３」の『②：手札を２枚まで捨てて発動できる。捨てた数だけ自分の手札・デッキ・墓地から「D３」を選んで特殊召喚する。この効果の発動後、ターン終了時まで自分は「D-HERO」モンスターしか召喚・特殊召喚できない』モンスター効果を発動し、さらにチェーンして発動した「突進」の効果によって、「D３」の攻撃力を７００アップしました。

この場合、「D３」のモンスター効果は無効化されますか？

「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果が適用されている場合、攻撃力0のモンスターが発動した効果は無効化されます。

質問の状況の場合、チェーンして発動した「突進」の効果によって、効果を発動した「D３」は、その後に攻撃力がアップしていますが、攻撃力が0の状態で効果を発動していますので、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果によってその効果処理は無効化される事になります。