自分が「SRアクマグネ」の召喚に成功した時、『①：このカードが自分メインフェイズに召喚・特殊召喚に成功した場合、相手フィールドの表側表示モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターとこのカードのみを素材として風属性Sモンスター１体をS召喚する』モンスター効果を発動し、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在する「B－バスター・ドレイク」を対象としました。

この時、相手がチェーンして「ゲットライド！」の『自分の墓地のユニオンモンスター１体を選択し、自分フィールド上の装備可能なモンスターに装備する』効果を発動し、「B－バスター・ドレイク」に、「A－アサルト・コア」を装備させました。

この場合、「SRアクマグネ」のモンスター効果の処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、「SRアクマグネ」のモンスター効果の対象として選択した相手の「B－バスター・ドレイク」は、効果処理時に「A－アサルト・コア」が装備されており、『②：装備モンスターは他の相手モンスターの効果を受けない』効果が適用されています。

この場合、「SRアクマグネ」のモンスター効果によって対象のモンスターをシンクロ素材として扱う事はできず、シンクロ召喚を行う事もできません。
（「SRアクマグネ」も、「B－バスター・ドレイク」も、それぞれのモンスターゾーンに残ります。）