相手のモンスターゾーンに「No.81 超弩級砲塔列車スペリオル・ドーラ」1体のみが表側表示で存在しています。

「召喚獣エリュシオン」の『②：１ターンに１度、自分のフィールド・墓地の「召喚獣」モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスター及びそのモンスターと同じ属性を持つ相手フィールドのモンスターを全て除外する。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果によって、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「召喚獣メガラニカ」を対象としました。

その発動にチェーンして相手が「No.81 超弩級砲塔列車スペリオル・ドーラ」の『①：１ターンに１度、このカードのX素材を１つ取り除き、フィールドの表側表示モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターはターン終了時まで、そのモンスター以外のカードの効果を受けない。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動し、「召喚獣メガラニカ」を対象とした場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「召喚獣エリュシオン」のモンスター効果の処理時に、対象のモンスターが他のモンスターの効果を受けない状態になっている場合、対象とした「召喚獣」と名のついたモンスター（＝質問の状況の場合、「召喚獣メガラニカ」）は除外されません。

その場合でも、『そのモンスターと同じ属性を持つ相手フィールドのモンスターを全て除外する』処理によって、相手のモンスターゾーンのモンスターは除外される事になります。
（質問の状況の場合、地属性の「召喚獣メガラニカ」を対象として発動していますので、相手の「No.81 超弩級砲塔列車スペリオル・ドーラ」は通常通り除外される事になります。）