相手の発動した「一時休戦」の『お互いに自分のデッキからカードを１枚ドローする。次の相手ターン終了時まで、お互いが受ける全てのダメージは０になる』効果が適用されている自分のターンです。

この状況で、自分は「スカイスクレイパー・シュート」を発動する事はできますか？

「一時休戦」の効果が適用されている場合でも、「スカイスクレイパー・シュート」を発動する事はできます。

その場合、『そのモンスターより攻撃力が高い相手フィールドの表側表示モンスターを全て破壊する』処理は通常通り適用されますが、『その後、この効果で破壊され墓地へ送られたモンスターの内、元々の攻撃力が一番高いモンスターのその数値分のダメージを相手に与える』処理によって相手が受けるダメージは結果的に0になります。
（この場合も、「スカイスクレイパー・シュート」の効果処理はモンスターを破壊する処理にて処理が完了した扱いにはなりません。）