自分のモンスターゾーンに「黒牙の魔術師」が表側攻撃表示で存在し、自分のペンデュラムゾーンに「白翼の魔術師」が存在しています。

この状況で、相手が「スクラップ・ドラゴン」の『１ターンに１度、自分及び相手フィールド上に存在するカードを１枚ずつ選択して発動する事ができる。選択したカードを破壊する』モンスター効果を発動し、対象に「スクラップ・ドラゴン」自身と「黒牙の魔術師」が対象になりました。

その発動にチェーンして自分が「強制脱出装置」を発動した事で、その「黒牙の魔術師」が持ち主の手札に戻った場合、「白翼の魔術師」の『①：１ターンに１度、自分フィールドの魔法使い族・闇属性モンスターを対象として発動した効果を無効にできる。その後、このカードを破壊する』ペンデュラム効果を適用する事はできますか？

「黒牙の魔術師」は魔法使い族・闇属性のモンスターですが、質問の状況の場合、チェーンして発動した「強制脱出装置」が適用された事で持ち主の手札に戻り、相手の「スクラップ・ドラゴン」のモンスター効果の対象ではなくなります。

この場合、相手の「スクラップ・ドラゴン」のモンスター効果は、『自分フィールドの魔法使い族・闇属性モンスターを対象として発動した効果』としては扱われませんので、「白翼の魔術師」のペンデュラム効果を適用する事はできません。
（この場合、相手の「スクラップ・ドラゴン」のモンスター効果によって、もう1枚の対象である「スクラップ・ドラゴン」自身のみが破壊される事になります。）