相手の魔法＆罠ゾーンに「マクロコスモス」が表側表示で存在し、『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かず除外される』効果が適用されています。

この状況で、自分は「悪のデッキ破壊ウイルス」を発動する事はできますか？

「マクロコスモス」の効果が適用されている場合でも、「悪のデッキ破壊ウイルス」を発動する事はできます。

その場合、発動の際にコストとしてリリースしたモンスター及び、『そのモンスターの攻撃力５００につき１枚、相手は自身の手札・デッキからカードを選んで破壊する』処理によって破壊されたカードは墓地へは送られず、除外されます。

なお、「悪のデッキ破壊ウイルス」の効果によって破壊されたカードが墓地へ送られずに除外された場合には、『このカードの効果で破壊され墓地へ送られているカードは、破壊されたターンには効果を発動できない』効果の影響を受けません。
（例えば、破壊され除外されたモンスターが「影六武衆－フウマ」だった場合、『①：このカードが戦闘・効果で破壊された場合に発動できる。デッキから「影六武衆－フウマ」以外の「六武衆」モンスター１体を特殊召喚する』モンスター効果は通常通り、発動と処理を行う事ができます。）