相手のモンスターゾーンに捕食カウンターが置かれた「混沌の黒魔術師」が表側攻撃表示で存在しています。

この状況で、その相手の「混沌の黒魔術師」が自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」を攻撃し、その戦闘によって、「捕食植物ドラゴスタペリア」が戦闘で破壊されました。

そのダメージ計算後に、「混沌の黒魔術師」の『②：このカードが戦闘で相手モンスターを破壊したダメージ計算後に発動する。その相手モンスターを除外する』モンスター効果が発動しますが、自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は適用されますか？

「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は永続効果です。

質問の状況の場合、「捕食植物ドラゴスタペリア」は戦闘によって破壊されていますので、そのダメージ計算後に相手が捕食カウンターが置かれているモンスターの効果を発動したとしても、「捕食植物ドラゴスタペリア」のモンスター効果は適用されず、相手のモンスターの効果は通常通り適用される事になります。
（質問の状況の場合、「混沌の黒魔術師」のモンスター効果によって、「捕食植物ドラゴスタペリア」は除外される事になります。