相手のフィールドゾーンに「心眼の祭殿」が表側表示で存在し、『①：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、自分または相手が戦闘ダメージを受ける場合、その数値は１０００になる』効果が適用されています。

相手が「青眼の白龍」で直接攻撃を宣言した際に、自分は「レインボー・ライフ」の『手札を１枚捨てて発動できる。このターンのエンドフェイズ時まで、自分は戦闘及びカードの効果によってダメージを受ける代わりに、その数値分だけライフポイントを回復する』効果を発動しました。

この場合、自分が受ける戦闘ダメージの数値はどうなりますか？

「レインボー・ライフ」の効果が適用される事によって、ダメージを受ける代わりに、その数値分だけライフポイントを回復する事になり、受けるダメージの数値が1000となる「心眼の祭殿」の効果は、結果的に適用されません。

したがって、質問の状況の場合、相手の「青眼の白龍」の直接攻撃によって本来受けるダメージの3000だけ、自分のライフポイントが回復する事になります。