「V－LAN ヒドラ」の『②：このカードの相互リンク先のリンク３以下のモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターをリリースし、そのリンクマーカーの数だけ自分フィールドに「V－LANトークン」（サイバース族・光・星１・攻／守０）を特殊召喚する。このターン自分は対象としたモンスターとリンクマーカーの数が同じモンスターを特殊召喚できない』モンスター効果を発動し、その対象として「バイナル・ソーサレス」を選択しました。

その発動にチェーンして相手がチェーンして「エフェクト・ヴェーラー」の『①：相手メインフェイズにこのカードを手札から墓地へ送り、相手フィールドの効果モンスター１体を対象として発動できる。その相手モンスターの効果をターン終了時まで無効にする』モンスター効果を発動し、「V－LAN ヒドラ」のモンスター効果が無効になったターン、自分はリンク2のモンスターを特殊召喚できなくなりますか？

『このターン自分は対象としたモンスターとリンクマーカーの数が同じモンスターを特殊召喚できない』処理は、「V－LAN ヒドラ」の『そのモンスターをリリースし、そのリンクマーカーの数だけ自分フィールドに「V－LANトークン」（サイバース族・光・星１・攻／守０）を特殊召喚する』モンスター効果が適用される際に、一連の効果処理として適用されます。

したがって、質問の状況のように発動した「V－LAN ヒドラ」のモンスター効果が無効化された場合には、『このターン自分は対象としたモンスターとリンクマーカーの数が同じモンスターを特殊召喚できない』効果も適用されません。