自分が「超越融合」の『①：２０００LPを払って発動できる。融合モンスターカードによって決められた融合素材モンスター２体を自分フィールドから墓地へ送り、その融合モンスター１体をエクストラデッキから融合召喚する』効果を発動し、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「プロト・サイバー・ドラゴン」と「サイバー・ドラゴン・ツヴァイ」を墓地へ送り、「サイバー・ツイン・ドラゴン」を融合召喚しました。

その後、墓地へ送られた「超越融合」の『②：墓地のこのカードを除外し、このカードの効果で融合召喚したモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターの融合召喚に使用した融合素材モンスター一組を自分の墓地から特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターの攻撃力・守備力は０になり、効果は無効化される』効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合、「超越融合」の効果で融合召喚を行う際に融合素材として使用された「プロト・サイバー・ドラゴン」と「サイバー・ドラゴン・ツヴァイ」が自分の墓地に揃っていたとしても、墓地の「プロト・サイバー・ドラゴン」は「サイバー・ドラゴン」として扱われませんので、「サイバー・ツイン・ドラゴン」の融合素材である『「サイバー・ドラゴン」＋「サイバー・ドラゴン」』の一組が揃っている事にはなりません。

したがって、「超越融合」の効果によって「サイバー・ツイン・ドラゴン」を融合召喚する際、融合素材として「プロト・サイバー・ドラゴン」を使用した場合には、墓地の「超越融合」の効果を発動する事自体ができません。

（なお、「超越融合」の効果で「サイバー・ツイン・ドラゴン」を融合召喚する際に、融合素材としたモンスター一組が「サイバー・ドラゴン・コア」と「サイバー・ドラゴン・ツヴァイ」というような場合であれば、墓地の「超越融合」の効果を発動する事ができます。）