自分のフィールドゾーンに「天空の聖域」が表側表示で存在し、自分のモンスターゾーンには「天空賢者ミネルヴァ」が表側表示で存在しています。

自分の墓地にカウンター罠カードが存在しない状況で、相手が「精神操作」を発動した時、自分はチェーンして「フォースフィールド」を発動し、相手はさらにチェーンして「盗賊の七つ道具」を発動しました。自分はさらにチェーンして、「神罰」を発動しました。

この場合、「天空賢者ミネルヴァ」の『①：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、自分または相手がカウンター罠カードを発動する度に、このカードの攻撃力は５００アップし、フィールドに「天空の聖域」が存在する場合、さらにその発動したカウンター罠カードとカード名が異なるカウンター罠カード１枚を自分の墓地から選んで手札に加える』モンスター効果はどのように適用されますか？

「天空賢者ミネルヴァ」のモンスター効果は、カウンター罠カードの1枚の効果処理が終了した時点でただちに効果が適用され、処理が行われます。

質問の状況の場合、まず、チェーン4に発動した「神罰」の処理によって、「盗賊の七つ道具」の発動が無効化され破壊された後、「天空賢者ミネルヴァ」のモンスター効果が適用されます。
この時、『このカードの攻撃力は５００アップし』の処理は適用されますが、『さらにその発動したカウンター罠カードとカード名が異なるカウンター罠カード１枚を自分の墓地から選んで手札に加える』処理は墓地にカウンター罠カードが1枚も存在していませんので適用されません。

チェーン3で発動した「盗賊の七つ道具」の発動は無効化されていますので、次にチェーン2で発動した「フォースフィールド」の処理が行われ、「精神操作」の発動が無効かされ破壊された後、「天空賢者ミネルヴァ」のモンスター効果が適用されます。
この時も、『このカードの攻撃力は５００アップし』の処理は適用されますが、『さらにその発動したカウンター罠カードとカード名が異なるカウンター罠カード１枚を自分の墓地から選んで手札に加える』処理は墓地にカウンター罠カードが1枚も存在していませんので適用されません。

最後にチェーン処理が終了し、発動した「フォースフィールド」と「神罰」は墓地へ送られる事になります。