相手の魔法＆罠ゾーンに「スキルドレイン」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、フィールドの全ての表側表示モンスターの効果は無効化される』効果が適用されています。

この状況で、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「宝玉獣 ルビー・カーバンクル」が戦闘やカードの効果で破壊された場合、『このカードがモンスターカードゾーン上で破壊された場合、墓地へ送らずに永続魔法カード扱いとして自分の魔法＆罠カードゾーンに表側表示で置く事ができる』モンスター効果を適用する事はできますか？

「宝玉獣 ルビー・カーバンクル」のモンスター効果が「スキルドレイン」の効果によって無効になっている場合、『このカードがモンスターカードゾーン上で破壊された場合、墓地へ送らずに永続魔法カード扱いとして自分の魔法＆罠カードゾーンに表側表示で置く事ができる』モンスター効果を適用する事はできません。
（戦闘や効果で破壊された「宝玉獣 ルビー・カーバンクル」は通常通り、墓地へ送られる事になります。）