相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、手札の「真竜皇バハルストスF」の『①：自分メインフェイズに発動できる。このカード以外の手札及び自分フィールドの表側表示モンスターの中から、水属性モンスターを含むモンスター２体を破壊し、このカードを手札から特殊召喚し、水属性モンスター２体を破壊した場合、相手のフィールド・墓地から魔法・罠カードを２枚まで選んで除外できる』モンスター効果を発動する事はできますか？

相手の「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果が適用されている場合でも、自分の「真竜皇バハルストスF」のモンスター効果を発動する事はできます。
（「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果によって、「真竜皇バハルストスF」のモンスター効果が無効化される事はありません。）

なお、その効果処理の際に『水属性モンスター２体を破壊した場合、相手のフィールド・墓地から魔法・罠カードを２枚まで選んで除外できる』効果を適用する場合、相手の「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果が適用されていますので、相手の墓地から魔法・罠カードを選んで除外する事はできません。
（相手フィールドの魔法・罠カードを2枚まで選んで除外する事になります。）