自分のモンスターゾーンに「DD魔導賢者ニュートン」が表側表示で存在し、自分の魔法＆罠ゾーンに「ペンデュラム・スイッチ」が表側表示で存在しています。

この状況で、相手が「仕込み爆弾」の『①：相手フィールドのカードの数×３００ダメージを相手に与える』効果を発動した時、自分はチェーンして「ペンデュラム・スイッチ」の『②：自分のモンスターゾーンのPモンスター１体を対象として発動できる。そのPモンスターを自分のPゾーンに置く』効果を発動し、「DD魔導賢者ニュートン」を対象としました。

この場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、チェーン2で発動した「ペンデュラム・スイッチ」の効果によって、「DD魔導賢者ニュートン」がペンデュラムゾーンに存在する状態で、相手の「仕込み爆弾」の効果処理が適用される事になります。

相手の「仕込み爆弾」は自分にダメージを与える罠カードの効果となりますので、「DD魔導賢者ニュートン」の『②：このカードがPゾーンに存在する限り１度だけ、自分にダメージを与える罠カードの効果が発動した場合、その効果を無効にできる。その後、このカードを破壊する』ペンデュラム効果によって、その効果を無効にする事ができます。
（無効にした場合、ペンデュラムゾーンの「DD魔導賢者ニュートン」は破壊されます。）