自分の魔法＆罠ゾーンに「マクロコスモス」が表側表示で存在しています。

この状況で、自分は「天底の使徒」を発動する事はできますか？

質問の状況の場合でも、「天底の使徒」を発動する事はできます。

この場合も、『EXデッキからモンスター１体を墓地へ送る』処理を行い、自分のデッキまたは自分の墓地に存在している「ドラグマ」と名のついたモンスターか「アルバスの落胤」の攻撃力以上の攻撃力を持つエクストラデッキのモンスター１体を選びます。
しかしながら、選んだエクストラデッキのモンスターは墓地へ送られず、「マクロコスモス」の『②』の効果によって除外されますので、『その後、墓地へ送ったモンスターの攻撃力以下の攻撃力を持つ、「ドラグマ」モンスターまたは「アルバスの落胤」１体を自分のデッキ・墓地から選んで手札に加える』処理を適用する事はできません。
（その場合でも、『このカードの発動後、ターン終了時まで自分はEXデッキからモンスターを特殊召喚できない』は適用されます。）