自分のモンスターゾーンに「デス・ウォンバット」が表側表示で存在し、『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、コントローラーへのカードの効果によるダメージを０にする』効果が適用されています。

この状況で相手の「停戦協定」にチェーンして自分は手札の「Emフレイム・イーター」の『①：自分にダメージを与える魔法・罠・モンスターの効果が発動した時に発動できる。このカードを手札から特殊召喚し、その効果で自分が受けるダメージを０にする。このターン、自分は「Em」モンスターしか特殊召喚できない。この効果で特殊召喚したこのカードは、フィールドから離れた場合に除外される』効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合、「デス・ウォンバット」の効果が適用されており、自分はダメージを受けない状態です。
（相手の「停戦協定」の発動は、『自分にダメージを与える魔法・罠・モンスターの効果が発動した』扱いにはなりません。）

したがって、相手の「停戦協定」の効果にチェーンして、自分は手札の「Emフレイム・イーター」の効果を発動する事はできません。