融合召喚したのち裏側守備表示になった「暗黒界の龍神王 グラファ」がモンスターゾーンに存在しています。その「暗黒界の龍神王 グラファ」を反転召喚する際に、相手が「ライト・バニッシュ」の『モンスターの召喚・反転召喚・特殊召喚を無効にし破壊する』効果を発動しました。

その「暗黒界の龍神王 グラファ」の反転召喚が無効になり破壊される際、自分は「暗黒界の懲罰」の②の『自分フィールドの「暗黒界」モンスターが戦闘または相手の効果で破壊される場合、代わりに墓地のこのカードを除外できる』効果を適用できますか？

適用できます。
ただし、その場合でも「暗黒界の龍神王 グラファ」は墓地へ送られます。

反転召喚やデュアルモンスターの再度の召喚に対する召喚・反転召喚の無効は、モンスターゾーンの表側表示のモンスターに対して適用されます。また、それが召喚・反転召喚を無効にし破壊する効果である場合、その破壊もモンスターゾーンの表側表示のモンスターに対して適用されます。

つまり「ライト・バニッシュ」はモンスターゾーンの表側表示の「暗黒界の龍神王 グラファ」を破壊することになりますので、その破壊の際に墓地の「暗黒界の懲罰」の②の効果を適用することは可能です。ただし破壊の処理が適用されなくなるだけで反転召喚は無効になっていますので、「暗黒界の龍神王 グラファ」はフィールドに存在できなくなったモンスターとみなされ、フィールドから墓地へ送られます。

なお、このようにして墓地へ送られた「暗黒界の龍神王 グラファ」は『相手によってフィールドから離れた』モンスターとして扱われません。そのため、②の『融合召喚したこのカードが相手によってフィールドから離れた場合に発動できる』効果の発動の条件は満たされません。