自分が「深海のセントリー」の『①』のモンスター効果によって相手の手札を除外しました。

そのターンのエンドフェイズを迎えた場合、ただちに、そのカードは相手の手札に戻りますか？

「深海のセントリー」の『①』のモンスター効果によって除外された相手のカードは、そのターンのエンドフェイズを迎えた場合にただちに相手の手札に戻るわけではありません。
エンドフェイズに発動・適用する効果の処理が複数ある場合、任意の順番でこれらの処理を行う事ができます。

例えば、自分の「アンクリボー」の『②』のモンスター効果の処理を行う必要がある場合、「深海のセントリー」の『①』のモンスター効果によって除外されたカードを相手の手札に戻す処理と、どちらの処理を先に行うかは、自分が任意に選ぶ事ができます。