相手の魔法＆罠ゾーンに「マクロコスモス」が表側表示で存在し、『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かず除外される』効果が適用されています。

この状況で、自分は「時の女神の悪戯」の『①：自分フィールドのモンスターが「ワルキューレ」モンスターのみの場合、自分バトルフェイズ終了時に発動できる。このカードを墓地へ送る。次の自分ターンのバトルフェイズ開始時までターンをスキップする』効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、相手の「マクロコスモス」の効果が適用されている場合でも、自分のモンスターゾーンに存在するモンスターが「ワルキューレ」と名のついたモンスターのみで、自分のバトルフェイズ終了時を迎えたのであれば、自分は「時の女神の悪戯」を発動する事はできます。

その場合、「時の女神の悪戯」のカード自体は「マクロコスモス」の効果によって墓地へは送られず、除外される事になりますが、『次の自分ターンのバトルフェイズ開始時までターンをスキップする』処理、『そのターンの終了時まで自分は「時の女神の悪戯」を発動できない』処理は通常通り適用される事になります。