自分の魔法＆罠ゾーンに「光の護封剣」が表側表示で存在している状況で、自分が「時の女神の悪戯」の『①：自分フィールドのモンスターが「ワルキューレ」モンスターのみの場合、自分バトルフェイズ終了時に発動できる。このカードを墓地へ送る。次の自分ターンのバトルフェイズ開始時までターンをスキップする』効果を発動しました。

その結果、「光の護封剣」の『相手ターンで数えて３ターン後の相手エンドフェイズに破壊される』処理が適用される相手のターンがスキップされた場合、「光の護封剣」の効果はどうなりますか？

質問の状況の場合、「時の女神の悪戯」の効果が適用された事によって、「光の護封剣」が破壊される処理が適用されるターンがスキップされています。

したがって、「光の護封剣」は破壊されず、フィールドに残り続け、『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、相手モンスターは攻撃宣言できない』効果も適用されたままとなります。