自分フィールドに表側表示の「ダーク・サンクチュアリ」と「ウィジャ盤」が存在し、「ダーク・サンクチュアリ」の『①：自分の「ウィジャ盤」の効果で「死のメッセージ」カードを出す場合、そのカードを通常モンスター（悪魔族・闇・星１・攻／守０）として特殊召喚できる。この効果で特殊召喚したカードは「ウィジャ盤」以外のカードの効果を受けず、攻撃対象にされない（この効果が適用されたモンスターしか自分フィールドに存在しない状態での相手の攻撃は自分への直接攻撃になる）』効果によって特殊召喚されている「死のメッセージ「E」」が自分のモンスターゾーンに表側表示で存在しています。

この状況で、自分の「カース・ネクロフィア」の『②：モンスターゾーンのこのカードが相手によって破壊され墓地へ送られたターンのエンドフェイズに発動する。このカードを墓地から特殊召喚する。その後、自分フィールドの魔法・罠カードのカード名の種類の数まで相手フィールドのカードを選んで破壊できる』モンスター効果が発動した場合、破壊できる相手フィールドのカードの数は3枚までになりますか？

「カース・ネクロフィア」のモンスター効果の、『その後、自分フィールドの魔法・罠カードのカード名の種類の数まで相手フィールドのカードを選んで破壊できる』処理を行う場合、自分フィールドに表側表示で存在する魔法・罠カードのカード名の種類の数まで、相手フィールドのカードを選んで破壊する事になります。

質問の状況の場合、「ダーク・サンクチュアリ」の効果を適用し、特殊召喚されているる「死のメッセージ「E」」は魔法カードとしては扱われていません。
したがって、自分フィールドに表側表示で存在する魔法・罠カードは「ダーク・サンクチュアリ」と「ウィジャ盤」の2枚のみとなりますので、「カース・ネクロフィア」のモンスター効果によって破壊する事ができる相手フィールドのカードの数は2枚までとなります。