自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「秘竜星－セフィラシウゴ」と「竜星因士－セフィラツバーン」を対象として、「ライブラの魔法秤」の『①：１～６までの任意のレベルを宣言し、自分フィールドの表側表示モンスター２体を対象として発動できる。ターン終了時まで、対象のモンスター１体のレベルを宣言したレベル分だけ下げ、もう１体のモンスターのレベルを宣言したレベル分だけ上げる』ペンデュラム効果を発動し、レベル5を宣言しました。

その発動にチェーンして相手が「月の書」を発動し、対象の「秘竜星－セフィラシウゴ」を裏側守備表示にした場合、効果処理はどうなりますか？

「ライブラの魔法秤」のペンデュラム効果の処理時に、対象に選択した2体のモンスターの内、1体が裏側守備表示になっている場合には、もう1体の対象となる表側表示のモンスターに、『対象のモンスター１体のレベルを宣言したレベル分だけ下げ』の処理のみを適用する事になります。

質問の状況の場合、「竜星因士－セフィラツバーン」にレベルを下げる処理が適用される事になりますが、「竜星因士－セフィラツバーン」のレベルは4ですので、レベルを5下げる事はできません。
したがって、「竜星因士－セフィラツバーン」のレベルが下がる事はなく、裏側守備表示になった「秘竜星－セフィラシウゴ」のレベルが上がる事もありません。