相手の魔法＆罠ゾーンに「スキルドレイン」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、フィールドの全ての表側表示モンスターの効果は無効化される』効果が適用されています。

この状況で、自分は「エンプレス・オブ・エンディミオン」の『②：このカードの魔力カウンターを３つ取り除いて発動できる。手札の魔力カウンターを置く事ができるモンスター１体とPゾーンのこのカードを特殊召喚し、その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』ペンデュラム効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合でも、「エンプレス・オブ・エンディミオン」の『手札の魔力カウンターを置く事ができるモンスター１体とPゾーンのこのカードを特殊召喚し、その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』ペンデュラム効果を発動する事はできます。

その場合、手札のモンスターと、ペンデュラムゾーンの「エンプレス・オブ・エンディミオン」自身を特殊召喚する処理は通常通り適用されますが、相手の「スキルドレイン」の効果によってモンスター効果が無効化され、魔力カウンターを置く事ができませんので、『その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』処理は適用されません。