相手の墓地の「ブレイズ・キャノン・マガジン」の『③：自分及び相手メインフェイズに墓地のこのカードを除外して発動できる。デッキから「ヴォルカニック」カード１枚を墓地へ送る』効果を発動しました。

その発動にチェーンして、自分は「創聖魔導王 エンディミオン」の『①：１ターンに１度、魔法・罠カードの効果が発動した時に発動できる。自分フィールドの魔力カウンターが置かれているカード１枚を選んで持ち主の手札に戻し、その発動を無効にし破壊する。その後、手札に戻したそのカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く事ができる』モンスター効果を発動する事はできますか？

「創聖魔導王 エンディミオン」の『自分フィールドの魔力カウンターが置かれているカード１枚を選んで持ち主の手札に戻し、その発動を無効にし破壊する。その後、手札に戻したそのカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く事ができる』モンスター効果は、魔法・罠カードのカードの発動の際だけでなく、魔法・罠カードの効果の発動の際にもチェーンして発動する事ができます。

質問の状況の場合、相手の墓地の「ブレイズ・キャノン・マガジン」の効果の発動にチェーンして「創聖魔導王 エンディミオン」のモンスター効果を発動する事はできます。
その際の効果処理は、『自分フィールドの魔力カウンターが置かれているカード１枚を選んで持ち主の手札に戻し』の処理は行われ、墓地の「ブレイズ・キャノン・マガジン」の効果の発動は無効になりますが、墓地の「ブレイズ・キャノン・マガジン」は破壊されませんので、『その後、手札に戻したそのカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く事ができる』処理を適用する事はできません。