「HSR－GOMガン」の『②：EXデッキから風属性Sモンスター１体を除外して発動できる。レベルの合計が除外したモンスターと同じになるように、デッキからカード名が異なる「スピードロイド」モンスター２体を相手に見せ、相手はその中からランダムに１枚選ぶ。その１枚を自分の手札に加え、残りを墓地へ送る』モンスター効果を発動する際に、自分のエクストラデッキから「クリアウィング・シンクロ・ドラゴン」を除外しました。

その発動にチェーンして、相手が「異次元からの埋葬」を発動し、その除外された「クリアウィング・シンクロ・ドラゴン」が墓地に戻っている場合、処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「HSR－GOMガン」のモンスター効果を発動するためにエクストラデッキから除外した風属性のシンクロモンスターが効果処理時に除外されていない状態となる場合でも、効果処理は通常通り適用されます。
（質問の状況の場合、レベル7の「クリアウィング・シンクロ・ドラゴン」を除外して発動していますので、レベルの合計が7になるように、『デッキからカード名が異なる「スピードロイド」モンスター２体を相手に見せ、相手はその中からランダムに１枚選ぶ。その１枚を自分の手札に加え、残りを墓地へ送る』処理を行います。）