相手の発動した「墓穴の指名者」の『①：相手の墓地のモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを除外する。次のターンの終了時まで、この効果で除外したモンスター及びそのモンスターと元々のカード名が同じモンスターの効果は無効化される』効果によって、「雷獣龍－サンダー・ドラゴン」が除外されている状況です。

この状況で、自分は「轟雷機龍－サンダー・ドラゴン」の『①：このカードがリンク召喚されている場合、自分の墓地のモンスター及び除外されている自分のモンスターの中から、「サンダー・ドラゴン」モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターに記された、自身を手札から捨てて発動する効果を適用する。その後、そのモンスターをデッキの一番上または一番下に戻す』モンスター効果を発動し、「雷獣龍－サンダー・ドラゴン」を対象とする事はできますか？

「轟雷機龍－サンダー・ドラゴン」の『そのモンスターに記された、自身を手札から捨てて発動する効果を適用する』モンスター効果は、対象としたモンスターが効果を発動する扱いではありません。

質問の状況の場合、「墓穴の指名者」の効果が適用されていますので、次のターンの終了時まで、「雷獣龍－サンダー・ドラゴン」の発動する効果などは無効化されますが、「轟雷機龍－サンダー・ドラゴン」のモンスター効果は無効化されません。

したがって、この場合、「轟雷機龍－サンダー・ドラゴン」は『自分の墓地のカード及び除外されている自分のカードの中から、「雷獣龍－サンダー・ドラゴン」以外の「サンダー・ドラゴン」カード１枚を選んで手札に加える』処理を適用し、『その後、そのモンスターをデッキの一番上または一番下に戻す』処理によって、対象の「雷獣龍－サンダー・ドラゴン」をデッキの一番上か一番下に戻します。