自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「バックアップ・セクレタリー」と「コード・ジェネレーター」をリンク素材として「コード・トーカー」のリンク召喚に成功しました。

その際に発動した、「コード・ジェネレーター」の『②：このカードが「コード・トーカー」モンスターのリンク素材として手札・フィールドから墓地へ送られた場合に発動できる。デッキから攻撃力１２００以下のサイバース族モンスター１体を墓地へ送る。フィールドのこのカードを素材とした場合には墓地へ送らず手札に加える事もできる』モンスター効果の発動にチェーンして、相手が「マクロコスモス」を発動した場合、処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、相手の「マクロコスモス」の『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かず除外される』効果が適用された状態で、「コード・ジェネレーター」のモンスター効果の処理が行われる事になります。

『デッキから攻撃力１２００以下のサイバース族モンスター１体を墓地へ送る』処理として行うのであれば、デッキから選んだサイバース族モンスターは墓地へは送られず除外される事になりますが、『フィールドのこのカードを素材とした場合には墓地へ送らず手札に加える事もできる』処理として行うのであれば、デッキから選んだサイバース族モンスターは手札に加わる事になります。