「ネフティスの輪廻」の効果によって「ネフティスの祀り手」が儀式召喚に成功した際に、『①：このカードが儀式召喚に成功した場合に発動できる。デッキから「ネフティス」モンスター１体を特殊召喚する。この効果を発動したターンのエンドフェイズにこのカードは破壊される』モンスター効果を発動しました。

その発動にチェーンして、相手が「エフェクト・ヴェーラー」の『①：相手メインフェイズにこのカードを手札から墓地へ送り、相手フィールドの効果モンスター１体を対象として発動できる。その相手モンスターの効果をターン終了時まで無効にする』モンスター効果を発動し、「ネフティスの祀り手」のモンスター効果が無効になった場合、エンドフェイズに「ネフティスの祀り手」は破壊されますか？

質問の状況のように、儀式召喚に成功した際に発動した「ネフティスの祀り手」のモンスター効果が、チェーンして発動した「エフェクト・ヴェーラー」のモンスター効果によって無効になった場合には、『この効果を発動したターンのエンドフェイズにこのカードは破壊される』処理も適用されません。