エクストラモンスターゾーンに自分の「守護神－ネフティス」が存在し、そのリンク先となる自分のメインモンスターゾーンに「ネフティスの導き手」が表側表示で存在しています。

自分の墓地に存在するモンスターが「ネフティスの鳳凰神」のみ、という状況で、「守護神－ネフティス」の『●このカードのリンク先の「ネフティス」モンスター１体を選んで破壊し、そのモンスターと元々のカード名が異なる「ネフティス」モンスター１体を自分の墓地から選んで効果を無効にして特殊召喚する』モンスター効果を発動しました。

その発動にチェーンして、相手が「虚無空間」を発動した場合、処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「虚無空間」が適用され、モンスターの特殊召喚が行えなくなっている場合には効果処理は適用されません。
（『このカードのリンク先の「ネフティス」モンスター１体を選んで破壊し』の処理も含めて、全ての処理が行われません。）