「フォトン・サンクチュアリ」の『①：自分フィールドに「フォトントークン」（雷族・光・星４・攻２０００／守０）２体を守備表示で特殊召喚する。このトークンは攻撃できず、S素材にもできない』効果によって特殊召喚された相手の「フォトントークン」を自分の「コード・トーカー」で攻撃しました。

この時、自分は手札の「プロフィビット・スネーク」の『①：自分のサイバース族リンクモンスターが相手モンスターと戦闘を行うダメージステップ開始時に、このカードを手札から墓地へ送って発動できる。その相手モンスターを持ち主の手札に戻す』モンスター効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、自分のサイバース族リンクモンスターと、相手のモンスタートークンが戦闘を行う場合でも、手札の「プロフィビット・スネーク」のモンスター効果を発動する事はできます。

モンスタートークンはフィールドを離れる際に消滅しますので、手札に加わる事はありません。