自身の『①：自分・相手のメインフェイズに発動できる。このカードは発動後、通常モンスター（爬虫類族・地・星４・攻１６００／守１８００）となり、モンスターゾーンに特殊召喚する。このカードは罠カードとしても扱う』効果によって、モンスターカード扱いとして特殊召喚されている「アポピスの化神」が自分のモンスターゾーンに存在しています。

その「アポピスの化神」が相手の「サンダー・ブレイク」の効果によって破壊され墓地へ送られた場合、自分は「魔晶龍ジルドラス」の『①：このカードが手札・墓地に存在し、自分フィールドの魔法・罠カードが相手の効果でフィールドから離れ、墓地へ送られた場合または除外された場合に発動できる。このカードを特殊召喚する。その後、自分の墓地のカード及び除外されている自分のカードの中から、魔法・罠カード１枚を選んで自分の魔法＆罠ゾーンにセットできる。この効果で特殊召喚したこのカードは、フィールドから離れた場合に除外される』モンスター効果を発動する事はできますか？

自身の効果によってモンスターカード扱いとして特殊召喚されている「アポピスの化神」は罠カードとしても扱われています。

質問の状況のように、相手のカードの効果によって破壊され墓地へ送られた場合でも、自分は「魔晶龍ジルドラス」のモンスター効果を発動する事ができます。
（『その後、自分の墓地のカード及び除外されている自分のカードの中から、魔法・罠カード１枚を選んで自分の魔法＆罠ゾーンにセットできる』処理によって、破壊され墓地へ送られたその「アポピスの化神」を選んで自分の魔法＆罠ゾーンにセットするカードに選ぶ事もできます。）