相手の手札が0枚、相手のデッキのカードの枚数が5枚の状態です。

この状況で、自分が「悪のデッキ破壊ウイルス」の『①：自分フィールドの攻撃力３０００以下の闇属性モンスター１体をリリースして発動できる。そのモンスターの攻撃力５００につき１枚、相手は自身の手札・デッキからカードを選んで破壊する。このカードを発動するために攻撃力２０００以上のモンスターをリリースした場合、相手ターンで数えて３ターンの間に相手がドローしたカードを全て確認し、その内のモンスターを全て破壊する。また、このカードの効果で破壊され墓地へ送られているカードは、破壊されたターンには効果を発動できない』効果を発動する場合、攻撃力が3000の「闇黒の魔王ディアボロス」をリリースして発動する事はできますか？

相手の手札・デッキのカードの合計が5枚以下の場合、自分は攻撃力3000の「闇黒の魔王ディアボロス」をリリースして「悪のデッキ破壊ウイルス」を発動する事はできます。

『そのモンスターの攻撃力５００につき１枚、相手は自身の手札・デッキからカードを選んで破壊する』処理によって相手は6枚のカードを手札かデッキから選んで破壊する事になりますが、その場合、相手は可能な限りカードを選んで破壊する事になります。
（質問の状況の場合であれば、相手はデッキの残りのカード5枚を全て破壊し墓地へ送る事になります。）