相手の魔法＆罠ゾーンに「マクロコスモス」が表側表示で存在し、『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かず除外される』効果が適用されています。

この状況で、「ヴァンパイア・スカージレット」を対象として、「ヴァンパイア・デザイア」の『●自分フィールドの表側表示モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターのレベルと異なるレベルを持つ「ヴァンパイア」モンスター１体をデッキから墓地へ送る。対象のモンスターのレベルは、ターン終了時まで墓地へ送ったモンスターと同じになる』効果を発動する事はできますか？

「マクロコスモス」の効果が適用されている場合でも、「ヴァンパイア・デザイア」の『そのモンスターのレベルと異なるレベルを持つ「ヴァンパイア」モンスター１体をデッキから墓地へ送る。対象のモンスターのレベルは、ターン終了時まで墓地へ送ったモンスターと同じになる』効果を発動する事はできます。

その場合、デッキから選んだ「ヴァンパイア」と名のついたモンスターは墓地へ送られず除外されますので、『対象のモンスターのレベルは、ターン終了時まで墓地へ送ったモンスターと同じになる』処理は適用されません。
（質問の状況の場合、「ヴァンパイア・スカージレット」のレベルは元々のレベルのままとなります。）