自分の「宝玉獣 サファイア・ペガサス」が戦闘によって破壊された際に、『②：表側表示のこのカードがモンスターゾーンで破壊された場合、墓地へ送らずに永続魔法カード扱いとして自分の魔法＆罠ゾーンに表側表示で置く事ができる』モンスター効果を適用した場合、自分は「究極宝玉陣」の『①：自分の「宝玉獣」モンスターが戦闘で破壊された時に、手札・デッキ及び自分フィールドの表側表示のカードの中から、「宝玉獣」カード７種類を１枚ずつ墓地へ送って発動できる。「究極宝玉神」融合モンスター１体を融合召喚扱いとしてEXデッキから特殊召喚する』効果を発動する事はできますか？

自分の「宝玉獣 サファイア・ペガサス」が戦闘によって破壊された際には、そのダメージステップ終了時に、『②：表側表示のこのカードがモンスターゾーンで破壊された場合、墓地へ送らずに永続魔法カード扱いとして自分の魔法＆罠ゾーンに表側表示で置く事ができる』モンスター効果を適用するかどうかを選びます。

ダメージステップ終了時にカードの効果を発動する場合、「宝玉獣 サファイア・ペガサス」を墓地へ送る（または永続魔法カード扱いとして魔法＆罠ゾーンに置く）かを選び、それを行った後に、カードの効果の発動を行う事になります。

質問の状況の場合でも、「究極宝玉陣」を発動する事はできます。
その際に、コストとして墓地へ送る「宝玉獣」と名のついたカード7種類は、自分の手札、自分のデッキ、自分フィールドの表側表示のカードの中から選びますので、戦闘で破壊された「宝玉獣 サファイア・ペガサス」が墓地へ送られずに永続魔法カード扱いで魔法＆罠ゾーンに置かれている場合には、その「宝玉獣 サファイア・ペガサス」も「究極宝玉陣」を発動する際のコストに含める事ができます。