「クシャトリラ・シャングリラ」の『②：相手のカードが裏側表示で除外される度に、使用していないメインモンスターゾーンまたは魔法＆罠ゾーンを１ヵ所指定して発動できる。指定したゾーンはこのモンスターが表側表示で存在する間は使用できない』効果が既に適用されています。

その状況で、その「クシャトリラ・シャングリラ」の効果が無効化された場合、指定されたゾーンは使用できるようになりますか？

使用できない状態のままです。

「クシャトリラ・シャングリラ」の②は、処理時に指定したゾーンに『使用できない』効果を適用する誘発効果であり、その適用の条件は『このモンスターが表側表示で存在する間』です（適用がなくなる条件は"「クシャトリラ・シャングリラ」がモンスターゾーンに表側表示で存在しなくなること"です）。

この効果は永続効果ではありません（モンスターからゾーンに対して『使用できない』効果を継続的に適用する効果ではありません）ので、モンスターゾーンに表側表示で存在し続けているのであれば、その「クシャトリラ・シャングリラ」の効果が無効化されている間も、既に適用されている『使用できない』効果は適用され続けます。

なお、「エクスコード・トーカー」についても同様です。