「メタファイズ・ファクター」の『①：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、自分はレベル５以上の「メタファイズ」モンスターを召喚する場合に必要なリリースをなくす事ができる。この効果は１ターンに１度しか適用できない。この効果を適用して召喚したモンスターは次のターンのエンドフェイズに除外される』効果を適用し、「メタファイズ・ネフティス」をリリースをなくして召喚しました。

その次のターンのエンドフェイズを迎える前に、相手が発動した「ハーピィの羽根帚」の効果によって「メタファイズ・ファクター」が破壊されている場合、エンドフェイズの処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「メタファイズ・ファクター」の効果を適用し、「メタファイズ」と名のついたモンスターをリリースをなくして召喚した次のターンのエンドフェイズに、「メタファイズ・ファクター」がフィールドに存在しなくなっている場合でも、除外される処理は通常通り適用される事になります。