「亡龍の戦慄－デストルドー」が自身の『①：このカードが手札・墓地に存在する場合、LPを半分払い、自分フィールドのレベル６以下のモンスター１体を対象として発動できる。このカードを特殊召喚する。この効果で特殊召喚したこのカードは、レベルが対象のモンスターのレベル分だけ下がり、フィールドから離れた場合に持ち主のデッキの一番下に戻る』モンスター効果によって特殊召喚されています。

その後、その「亡龍の戦慄－デストルドー」が戦闘またはカードの効果で破壊され墓地へ送られる際に、「マクロコスモス」の『このカードがフィールド上に存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かずゲームから除外される』効果が適用される場合、「亡龍の戦慄－デストルドー」はデッキの一番下に戻りますか？

質問の状況のように、自身のモンスター効果によって特殊召喚されている「亡龍の戦慄－デストルドー」が「マクロコスモス」の適用中に戦闘やカードの効果によって破壊された場合でも、自身の『フィールドから離れた場合に持ち主のデッキの一番下に戻る』効果が適用されていますので、通常通りデッキの一番下へと戻る事になります。