自分の「V－LAN ヒドラ」がエクストラモンスターゾーンに表側表示で存在し、同じ縦列の自分のメインモンスターゾーンに「トライゲート・ウィザード」が存在しています。
さらに、自分のメインモンスターゾーンには、「デュアル・アセンブルム」と「バランサーロード」が存在しており、空いている自分のメインモンスターゾーンは2ヵ所のみという状況です。

この時、「V－LAN ヒドラ」の『②：このカードの相互リンク先のリンク３以下のモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターをリリースし、そのリンクマーカーの数だけ自分フィールドに「V－LANトークン」（サイバース族・光・星１・攻／守０）を特殊召喚する。このターン自分は対象としたモンスターとリンクマーカーの数が同じモンスターを特殊召喚できない』モンスター効果を発動し、相互リンクしているリンク3の「トライゲート・ウィザード」を対象として選択する事はできますか？

質問の状況の場合、自分のメインモンスターゾーンは2ヵ所のみ空いている状況です。

しかしながら、「V－LAN ヒドラ」の『そのモンスターをリリースし、そのリンクマーカーの数だけ自分フィールドに「V－LANトークン」（サイバース族・光・星１・攻／守０）を特殊召喚する』モンスター効果の処理は、対象のモンスターをリリースし効果処理を行いますので、質問の状況のように、対象としたモンスターが自分のメインモンスターゾーンに存在するモンスターであれば、そのモンスターをリリースする事で空いたメインモンスターゾーンも、「V－LANトークン」を特殊召喚する際のゾーンとして使用する事ができます。

したがって、質問の状況の場合、「トライゲート・ウィザード」がリリースされる事で、自分のメインモンスターゾーンが3ヵ所空いている状態になりますので、「V－LAN ヒドラ」のモンスター効果を発動する際に、「トライゲート・ウィザード」を対象とする事ができます。