自分のエクストラモンスターゾーンに「リンク・スパイダー」が存在し、そのリンクマーカーが指し示すメインモンスターゾーンに、エクストラデッキから「ハニーボット」をリンク召喚しました。

その後、エクストラモンスターゾーンの「リンク・スパイダー」が「サンダー・ブレイク」の効果によって破壊された場合、メインモンスターゾーンの「ハニーボット」も同時に破壊されますか？

リンクモンスターが存在する場合、そのリンクマーカーが指し示すメインモンスターゾーンにもエクストラデッキのリンク・ペンデュラムモンスターを特殊召喚する事が可能になります。

その後、リンクモンスターが破壊される等でフィールドに存在しなくなった場合には、そのメインモンスターゾーンはエクストラデッキのリンク・ペンデュラムモンスターを特殊召喚する事ができないゾーンに戻ります。
この時、既にエクストラデッキから特殊召喚され、メインモンスターゾーンに存在しているモンスターが破壊される事はありません。 (質問の状況の場合、「ハニーボット」はそのままモンスターゾーンに残る事になります。)