自分が「ジャンク・シンクロン」の『①：このカードが召喚に成功した時、自分の墓地のレベル２以下のモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを守備表示で特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターの効果は無効化される』モンスター効果によって、墓地の「クリア・エフェクター」を特殊召喚しました。

その後、その「クリア・エフェクター」と、「ジャンク・シンクロン」をシンクロ素材として、「ジャンク・ウォリアー」をシンクロ召喚しました。

この場合、「クリア・エフェクター」のモンスター効果はどうなりますか？

質問の状況のように、「ジャンク・シンクロン」のモンスター効果によって特殊召喚され、「クリア・エフェクター」のモンスター効果が無効化されている場合でも、「クリア・エフェクター」のモンスター効果は通常通り適用されます。

質問の状況の場合、シンクロ召喚に成功した「ジャンク・ウォリアー」には、「クリア・エフェクター」の『②：このカードをS素材としたSモンスターは効果では破壊されない』モンスター効果がただちに適用され、そのシンクロ召喚に成功した際に、「ジャンク・ウォリアー」の『①：このカードがS召喚に成功した場合に発動する。このカードの攻撃力は、自分フィールドのレベル２以下のモンスターの攻撃力の合計分アップする』モンスター効果と、「クリア・エフェクター」の『①：このカードがS素材として墓地へ送られた場合に発動する。自分はデッキから１枚ドローする』モンスター効果がチェーンにて発動する事になります。
（任意の順番でチェーンして発動する事ができます。）