「クリア・エフェクター」をシンクロ素材として使用し、シンクロ召喚されている「ドリル・ウォリアー」が自分のモンスターゾーンに表側表示で存在しています。

その後、その「ドリル・ウォリアー」が自身の『１ターンに１度、自分のメインフェイズ時に発動できる。手札を１枚捨ててこのカードをゲームから除外する』モンスター効果によって、除外され、『次の自分のスタンバイフェイズ時、この効果で除外したこのカードを自分フィールド上に特殊召喚する。その後、自分の墓地のモンスター１体を選んで手札に加える』モンスター効果によって、再びモンスターゾーンに特殊召喚されました。

その場合、適用されていた「クリア・エフェクター」の『②：このカードをS素材としたSモンスターは効果では破壊されない』モンスター効果はどうなりますか？

「クリア・エフェクター」の『②：このカードをS素材としたSモンスターは効果では破壊されない』モンスター効果は、「クリア・エフェクター」をシンクロ素材としてシンクロ召喚に成功したシンクロモンスターが、モンスターゾーンに表側表示で存在する限り適用される効果となります。

質問の状況の場合、自身のモンスター効果を発動し、フィールドを離れた「ドリル・ウォリアー」は、その「クリア・エフェクター」のモンスター効果の適用がなくなります。
（フィールドに再び特殊召喚された以降、カードの効果によって破壊される場合には、通常通り破壊される事になります。）