「DDD磐石王ダリウス」が相手の「古代の機械魔神」を攻撃した際に、「DDD磐石王ダリウス」の『②：このカードが相手モンスターと戦闘を行うダメージ計算時、このカードのX素材を１つ取り除いて発動できる。このカードはその戦闘では破壊されず、ダメージ計算後にその相手モンスターを破壊し、相手に５００ダメージを与える』モンスター効果を発動しました。

この場合、相手の「古代の機械魔神」は戦闘で破壊された扱いになりますか？

質問の状況の場合、ダメージ計算時に「DDD磐石王ダリウス」のモンスター効果が発動し、『このカードはその戦闘では破壊されず』の効果が適用され、戦闘ダメージ計算が行われます。

その戦闘の結果、「古代の機械魔神」が戦闘で破壊された場合、「古代の機械魔神」の『①：このカードは他のカードの効果を受けない』モンスター効果の適用がなくなりますので、そのダメージ計算後、既に適用されている「DDD磐石王ダリウス」の『ダメージ計算後にその相手モンスターを破壊し、相手に５００ダメージを与える』効果がただちに適用され、相手の「古代の機械魔神」は破壊され、相手に500のダメージを与えます。

この場合、「古代の機械魔神」は戦闘によって破壊された扱いにはなりませんので、『③：このカードが戦闘で破壊され墓地へ送られた場合に発動できる。デッキから「アンティーク・ギア」モンスター１体を召喚条件を無視して特殊召喚する』モンスター効果を発動する事はできません。