「幻煌龍の天渦」の『①：自分フィールドの「幻煌龍 スパイラル」１体を対象として発動できる。そのモンスターが「幻煌龍」装備魔法カード３種類以上を装備した状態で、戦闘で相手の効果モンスター３体を破壊した時、自分はデュエルに勝利する』効果が適用されている「幻煌龍 スパイラル」が表側表示で存在し、その「幻煌龍 スパイラル」は「幻煌龍の螺旋突」「幻煌龍の螺旋絞」「幻煌龍の螺旋波」の3種類を装備した状態で、相手の効果モンスター1体を戦闘で破壊している状態です。

その後に「サイクロン」が発動し、「幻煌龍の螺旋波」が破壊された場合、適用されている効果はどうなりますか？

質問の状況のように、「幻煌龍の天渦」の効果が適用されている「幻煌龍 スパイラル」に装備されている装備魔法カードが破壊されたとしても、「幻煌龍 スパイラル」に適用されている「幻煌龍の天渦」の効果は適用されたままとなります。

その後、その「幻煌龍 スパイラル」に再び「幻煌龍の螺旋波」が装備され、「幻煌龍」と名のついた装備魔法カードが3種類装備されている状態となり、相手の効果モンスターを戦闘で破壊したのであれば、2体目の効果モンスターを戦闘で破壊した事になります。
（さらに3体目となる効果モンスターを戦闘で破壊すれば、デュエルに勝利する事になります。）