自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「時読みの魔術師」1体と、相手のモンスターゾーンに裏側守備表示で存在するモンスター1体を対象として、「時空のペンデュラムグラフ」の『②：自分のモンスターゾーン・Pゾーンの「魔術師」Pモンスターカード１枚と相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。そのカードを破壊する。この効果でカードを２枚破壊できなかった場合、フィールドのカード１枚を選んで墓地へ送る事ができる』効果を発動しました。

その発動にチェーンして自分が「強制脱出装置」を発動し、対象の「時読みの魔術師」を持ち主の手札に戻した場合、処理はどうなりますか？

質問の状況の場合「時空のペンデュラムグラフ」の対象とした2枚のカードの内、「時読みの魔術師」が持ち主の手札に戻っているため、対象としたカードは1枚しかフィールドに存在していない状態となります。

この場合、対象となっている、相手のモンスターゾーンの裏側守備表示モンスターは「時空のペンデュラムグラフ」の効果によって破壊される事になりますが、『この効果でカードを２枚破壊できなかった場合』にあたりますので、『フィールドのカード１枚を選んで墓地へ送る事ができる』処理を適用する事ができます。