相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、自分の墓地の「暗黒界の龍神 グラファ」の『①：このカードは「暗黒界の龍神 グラファ」以外の自分フィールドの「暗黒界」モンスター１体を持ち主の手札に戻し、墓地から特殊召喚できる』モンスター効果を適用し、墓地から特殊召喚することはできますか？

特殊召喚しようとすることができません。（『自分フィールドの「暗黒界」モンスター１体を持ち主の手札に戻し』を行うこともできません。）
墓地の自身を特殊召喚する効果であるため、『墓地のカードへ及ぶ効果』とみなされます。

以下のモンスターも「暗黒界の龍神 グラファ」と同様に、自身を墓地から特殊召喚するチェーンブロックの作られない効果を持ちます。「王家の眠る谷－ネクロバレー」の②の効果が適用されている状況では、その効果によって墓地から自身を特殊召喚することはできません。
「神聖魔導王 エンディミオン」
「マシンナーズ・フォートレス」
「ドラグニティアームズ－レヴァテイン」
「ライトパルサー・ドラゴン」
「捕食植物ドロソフィルム・ヒドラ」
「マジェスティ・ヒュペリオン」
「暗黒界の魔神王 レイン」
「ホルスの栄光－イムセティ」
「ホルスの祝福－ドゥアムテフ」
「ホルスの先導－ハーピ」
「ホルスの加護－ケベンセヌフ」