相手のモンスターゾーンに表側表示で存在するモンスターがペンデュラムモンスターやモンスタートークンのみの状態です。

この状況で、自分は「スカイスクレイパー・シュート」を発動する事はできますか？

自分のモンスターゾーンに「E・HERO」と名のついた融合モンスターが存在し、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在するモンスターが、その融合モンスターよりも攻撃力の高いモンスターが存在するのであれば、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在するモンスターがペンデュラムモンスターやモンスタートークンのみの場合でも、自分は「スカイスクレイパー・シュート」を発動する事ができます。

その場合、『そのモンスターより攻撃力が高い相手フィールドの表側表示モンスターを全て破壊する』処理は通常通り適用されますが、破壊されたペンデュラムモンスターは墓地へは送られず、エクストラデッキに表側で加わり、同様にモンスタートークンも墓地へは送られず、フィールドを離れた際に消滅します。
したがって、「スカイスクレイパー・シュート」の『その後、』の処理を適用する事はできません。