自分のフィールドゾーンに「暴走魔法陣」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、融合モンスターを融合召喚する効果を含む効果を自分が発動した場合、その発動は無効化されず、その融合召喚成功時に相手は魔法・罠・モンスターの効果を発動できない』効果が適用されています。

この状況で、自分が「置換融合」の『②：墓地のこのカードを除外し、自分の墓地の融合モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターをエクストラデッキに戻す。その後、自分はデッキから１枚ドローする』効果を発動した場合、その発動にチェーンして、相手は「シューティング・クェーサー・ドラゴン」の『１ターンに１度、魔法・罠・効果モンスターの効果の発動を無効にし破壊する事ができる』モンスター効果を発動し、その効果で「置換融合」の発動を無効化する事はできますか？

墓地で発動した「置換融合」の効果は、墓地の融合モンスターをエクストラデッキに戻し、ドローを行う効果となり、『融合モンスターを融合召喚する効果を含む効果』ではありませんので、その効果処理の際には「暴走魔法陣」の効果は適用されません。

したがって、質問の状況の場合、墓地の「置換融合」の効果の発動は、相手の「シューティング・クェーサー・ドラゴン」のモンスター効果によって無効化される事になります。