自分の「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」で相手の「花札衛－五光－」を攻撃し、その戦闘で「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」自身が破壊される場合、『③：このカードの攻撃によって相手モンスターが破壊されなかったダメージステップ終了時に発動できる。その相手モンスターを除外する』モンスター効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合でも、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」は相手モンスターを攻撃し、相手モンスターが戦闘で破壊されていませんので、そのモンスター効果を発動する事ができます。

この場合、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」は戦闘で破壊され墓地へ送られていますので、そのモンスター効果は墓地で発動する事になります。
相手の「花札衛－五光－」の『②：自分の「花札衛」モンスターが相手モンスターと戦闘を行う場合、バトルフェイズの間だけその相手モンスターの効果は無効化される』モンスター効果が適用されていますが、墓地にて発動する「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果が無効化される事はありません。